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主人公で小学１年生だった江戸川コナンは、高校生探偵・工藤新一と同い年の１７歳に成長。しかし１７歳になってまもなく歩美ちゃんとのデートの最中、「黒の組織」と呼ばれる国際犯罪組織に不意をつかれて監禁。新しく作った毒薬「ＡＰＴＸ４６４９」を注射された結果、今度は脳が幼児化。「見た目は大人、頭脳は子ども」になってしまったコナンは、キック力増強シューズで直接犯人を蹴り倒す、腕時計型麻酔銃を犯人に発射して眠らせたあと、蝶ネクタイ型変声機で声を変えて犯人自身に犯行を自白させるなど、第１章での緻密（ちみつ）な推理路線から、大雑把なバイオレンス路線へと舵を切った大胆なリニューアルが見ものとなりそうだ。